Den regerande sprintkungen kände sig trött och sliten under gårdagens lätta träning i Toblach.
De fyra första deltävlingarna i touren, där han vann den klassiska sprinten i Oberstdorf, hade onekligen tagit på krafterna.
Tyvärr visade det sig att Emil Jönsson var mer än mörbultad efter fyra tävlingar på fyra dagar.
– Emil blev tung i huvudet på tisdagskvällen och under natten till onsdag blev han förkyld. Han har inte feber, men är så pass dålig att det  är oaktuellt att starta i idag. Tour de Ski är därmed avslutad för Emil Jönssons del. Han reser hem i morgon och är fram till dess isolerad på sitt hotell, säger Arild Monsen.
Emil Jönsson låg på 20:e plats i årets Tour de Ski.